Un mois s'est écoulé depuis le sanglant affrontement de Black Mesa, où Maggie a perdu son seul ami. Puis lui parvient une sinistre nouvelle : Kai a été recruté par une mystérieuse secte dirigée par un personnage sorti tout droit des légendes navajos. Maggie se lance sur sa piste, convaincue qu'il a besoin de son aide. Sa quête l'emmène au-delà des Murs de Dinétah, au cœur d'un monde ravagé par les Grandes Eaux. Accompagnée d'une poignée disparate d'alliés, Maggie devra affronter des trafiquants d'organes, des dieux navajos et la Locuste blanche en personne. La confiance toute neuve qu'éprouve Maggie envers ses amis sera mise à rude épreuve, et tous ne survivront pas à cette aventure...